ووجود حفرة واسعة في باحته تحتوي على بستان واشجار النخيل واحتوائه على مساحات متنوعة. ومن النقاط اللافتة للنظر لهذا البناء وجود مساحة واسعة بثمانية اضلاع من الجانب الشرقي لبوابة الدخول الرئيسية والمزين سقفها بنقوش جميلة من الجص. ويعود تاريخ هذا المسجد الى القرن الخامس للهجرة. وقد بني وتأسس على يد الملا محمد باقر.
ويقع المسجد والمدرسة العلمية التابعة له في محلة بافق القديمة، شارع المسجد الجامع. وقد تم ادراجه في قائمة الآثار الوطنية الايرانية في العام 1996م. وهو أقدم مساجد مدينة بافق.
وقد صمم المسحد، الذي يسميه اهالي المنطقة بمسجد الجمعة، ليكون في قسمين اثنين، صيفي وشتوي، حيث ان الصيفي هو حرم للتعبد والصلاة ليلاً ويحتوي على فتحات تهوية كبيرة مثل ما هو موجود في مسجد يزد الجامع الكبير، وعلى خطين بقواعد محكمة. وكان للمسجد سقف من طبقتين، والذي تهدم، ومسجد آخر تم بناؤه حديثاً. ويشاهد في مقدمة الايوان والحرم اعمال من الكاشي القاجاري.
يذكر ان المسجد يحتوي على منقوشات وشهادة وقف في محراب الحرام منقوشة على لوحة صخرية بتاريخ 1190 هجري قمري. وهناك شهادة وقف اخرى بتاريخ 1210 هجري قمري في المحراب أسفل احدى فتحات التهوية والمتصلة بالحرم الرئيسي الكبير. ثم شهادة وقف ثالثة بتاريخ 1294 هجري قمري في مبنى المدرسة ذو الثمانية اضلاع.
وتجري على المسجد حالياً اعمال ترميم وصيانة بجهود هيئة أمنائه؛ تجدر الاشارة الى ان بافق من الامكان اللافتة بمحافظة يزد، ومن أهم ابنيتها التأريخية هي مقبرة حفيد الائمة عبدالله، والمسجد الجامع، وقلعة باقر آباد.
