إن الهندسة المعمارية الإسلامية التي استخدمت في بناء المرقد الطاهر والتي امتازت بتصاميمها الخاصة والحديثة، كانت مثار إعجاب وانبهار كل من شاهدها عن كثب. وأن البناء الداخلي للحرم الذي أقيم على أربع قواعد، يوحي بعظمة خاصة للضريح.
يقع المرقد جنوب العاصمة طهران ويعد منارة للثقافة الإسلامية والإيرانية بسبب هندسته التي تجسد الفن الإسلامي والزخرفة. وقد صممه فنانون ومعماريون إيرانيون ويعد أضخم الأضرحة في العالم.
وضریح سماحة الإمام الخميني(قدس) المعروف في إيران بـ«الحرم المطهر» شيّد في أقصى نقطة من جنوب طهران الى جوار قبور الشهداء في مقبرة «جنة الزهراء(س)»، ويعد في الحقيقة مؤسسة كبيرة وفريدة من نوعها.
وفي ليلة الرابع عشر من خرداد، وفي اللحظات التي كان فيها إمام الأمة يلفظ أنفاسه الأخيرة، عُقد اجتماع في جماران حضره المرحوم الحاج سيد أحمد الخميني، وعدد من أعضاء مكتب الإمام، وعلماء الدين من قم المقدسة وطهران، إضافة إلى كبار المسؤولين في الدولة. وقد جرى خلال الاجتماع مناقشة الآراء حول مكان دفن سماحته، حيث عرض كل من المسؤولين والقادة وعدد من المراجع والعلماء وجهات نظرهم ومقترحاتهم.
وبعد أن حدد الحاضرون المكان المناسب لدفن الإمام الخميني(قدس)، تقرر بناء حسب وجهة نظر المرحوم حجة الإسلام والمسلمين الحاج السيد أحمد الخميني وآخرين، أن يدفن جثمان الامام الخميني(قدس) بالقرب من شهداء الثورة الإسلامية العظام ومقبرة جنة الزهراء(س).
وقد تم إرسال فريق للبحث عن الموقع واختيار المكان المناسب بالنسبة لجنة الزهراء(س) وضواحيها. وبعد البحث والتحري استقر الرأي على المكان الحالي، وقد تم شراء الأرض من صاحبها بالتعاون مع منظمة جنة الزهراء(س).
وخلال الفترة ما بين رحيل الإمام الخميني (قدس) ومرور أربعين يوماً، تم تعيين الحدود الأولية للحرم استناداً إلى مركزية الضريح الطاهر.
وتم تسقيف المكان عبر الاستعانة بالإمكانيات المتوافرة في فترة قياسية. ومن ثم شيدت القبة الرئيسية من ثمانية أعمدة وعلى ارتفاع ثمانية أمتار. كما شيدت أربع منائر احتلت مواقعها في الجهات الأربع: الشمال والجنوب والشرق والغرب.
