مدرسة ميرزا جعفر هي إحدى المدارس القديمة والمعالم التاريخية للعهد الصفوي في مدينة مشهد المقدسة. تُعرف هذه المدرسة بهندستها المعمارية الخاصة وهي مخصصة لطلاب العلوم الدينية. تقع المدرسة بالقرب من حرم الامام الرضا(ع) وتقتصر على صحن الثورة الإسلامية من الجنوب، والشيخ الطبرسي من الغرب، والجامعة الرضوية للعلوم الإسلامية من الشمال والشرق.
والمدرسة هي واحدة من المباني القيمة من العصر الصفوي. هذه المدرسة هي واحدة من المعالم السياحية في مدينة مشهد المقدسة وأكبر مدرسة في المدينة. من بين الاعمال الرائعة لهذا المبنى زخارف الحجر والطوب والجبس المستخدم في البناء الجميل عند مدخل المدرسة والشرفة الشمالية للمدرسة.
تم بناء هذه المدرسة عام 1059 هـ في العهد الصفوي من قبل الأخوين ميرزا محمد طاهر وميرزا محمد جعفر، أبناء “ميرزا تقي مشهدي” وأحفاد الشيخ شمس الدين جويني في الجانب الشرقي من الصحن القديم (الثورة).
حتوي المدرسة على فناء مستطيل كبير وقصر شاهق رائع. ملاءمة الأرصفة والفتحات وارتفاع الأجنحة والشرفات والبلاط الفسيفسائي برسم وتصميم ممتازين، وأروقة مقرنصة والطلاء اللطيف داخل الغرف، تجعل المبنى من أجمل وأبرز الاعمال المعمارية. على الجوانب الأربعة للفناء الكبير ، يوجد قصر شاهق من طابقين يحتوي على 85 غرفة، وبجانب كل غرفتين، يوجد درج في الطابق الأول، وهو ممر الطابق العلوي. على جانبي الممر المثمن لمدخل المدرسة مسجد ومدرسة، وفي الطابق العلوي مدرسة أخرى.
تم ترميم هذا المبنى القديم عدة مرات. ولأول مرة عام 1285 ه، ونظراً لأن مبنى المدرسة احتاج إلى تجديد كبير بعد الثورة الإسلامية، تمت اعادة بناء المدرسة، مع الحفاظ على خطتها الأصلية وهندستها المعمارية، وهي الآن جزء من مبنى جامعة العلوم الإسلامية الرضوي.
مكتبة المدرسة
توجد في المدرسة مكتبة في الجانب الغربي من المدرسة وفي الطابق الثاني، والتي تحتوي على مفروشات رائعة ولوحات منقوشة بماء الذهب، وفي الجزء السفلي من المدرسة، في السرداب، يوجد قبر الشيخ حور عاملي وميرزا جعفر وابنه، والتي كانت تفتح عند مدخل المدرسة، ولكن لديها الآن مدخل خاص للسرداب.