يعتبر المسجد أحد المعالم التاريخية الشهيرة في مدينة أصفهان وهو من الآثار المتبقية من الفترة القاجارية. تم بناء المسجد في عهد محمد شاه قاجار على يد محمد باقر شفتي بمساحة 8075 مترا مربعا. المسجد عبارة عن بناية كبيرة تتكون من أربعة أبواب رئيسية، وأربعين عموداً، وقبة، وثلاثة أروقة، وأكثر من 45 غرفة ، ولا يوجد فيه مئذنة.
تمّ بناؤه تنفیذاً لأوامر (حجة الإسلام والمسلمين الحاج السید باقر شفتي) وهو من علماء الشيعة في عهد حكم محمد شاه القاجاري. یمثل اللون الأحمر الفاتح دوراً رئیسیاً في زخارف البلاط بتصمیم صورة الأواني والمشاهد المعروضة فیها. هذا اللون نفس اللون الذي نشاهده في المساجد الأخری في العصر القاجاري مثل مسجد رحیم خان ومسجد ركن الملك.
تقع مقبرة (السید باقر شفتي) وهي مقبرة فخمة ورائعة للغایة، في الركن الشمالي الشرقي في ساحة مسجد سيد. یوجد في هذا المسجد العدید من التواریخ من عام 1255 إلی 1311 الهجري. وقد خُطّت نقوشه علی ید محمد باقر شریف الشیرازي.
الزخارف داخل قبة المقبرة، جصیة مزينة بالمرایا والنقوش،لون الضریح فضي وذهبي مع نقوش جمیلة للغایة، شكلت صورة مذهلة لهذا المسجد.
